Toch wordt de scheiding tussen kerk en staat door de vrijheid van godsdienst juist verzwakt, omdat deze wet veronderstelt dat de overheid kan bepalen of een bepaalde praktijk al dan niet religieus van aard is. Ter illustratie, ten tijden van de invoering van het rookverbod in de horeca werd er een rokerskerk opgericht. De oprichters stelden dat het roken van tabak onderdeel was van hun geloofsbelijdenis. Zij deden zodoende een beroep op de vrijheid van godsdienst om te voorkomen dat zij niet meer mochten roken in cafés die zich zouden uitgeven voor rokerskerk.
De rechter besloot uiteindelijk dat de rokerskerk niet als religie kon worden aangemerkt, maar hierdoor wordt wel duidelijk dat het kennelijk de staat is die bepaalt of een uiting al dan niet religieus is. Dit is in strijd met het uitgangspunt dat de staat zich juist niet moet inmengen in religieuze vraagstukken.
Als Godsdienst echt een hogere waarheid is, eentje bovendien die onweerlegbaar en onontkoombaar is en dus niet afhankelijk van je persoonlijke voorkeuren dan zou het op zijn minst buitengewoon vreemd zijn om daartegen te rebelleren. Alsof je een auto fiets noemt, om geen parkeergeld te hoeven betalen. Niemand die dan zegt: Als jij het een fiets vindt, is dat ook goed, laat die parkeermeter maar links liggen. Het recht op afvalligheid wordt bovendien een merkwaardige constructie. Je kunt immers niet uit de waarheid of werkelijkheid treden.
Het grote idee achter de Vrijheid van Godsdienst zelf is nu juist dat er iets te kiezen valt. Dat je van je geloof af kunt stappen of tot een andere kerkgemeenschap toe kunt treden. Daarmee geeft de wetgever zelf al aan dat de keuzevrijheid voorop staat en wat waar is er in feite niet toe doet, omdat we accepteren dat we het nog niet zo zeker weten. De wetgever zegt daarom: Mensen moeten het lekker zelf bedenken. Juist daarom is het vreemd dat de Nederlandse wet onderscheid blijft maken tussen Godsdienst en levensbeschouwing enerzijds en de vrijheid van mening en gedachte anderzijds. Zij zijn immers gelijkwaardig.