De spits verkaste in 2006 naar Real Madrid na een conflict met zijn manager. In de biografie verklaart Ferguson dat het tot een definitieve breuk kwam tijdens de League Cup-finale van 2006 toen Van Nistelrooy hem uitschold, omdat hij geen basisplaats had. In januari 2010 bood de aanvaller telefonisch zijn excuses aan bij Ferguson.
Ook met David Beckham en Roy Keane botste Ferguson. 'Beckham moest wel vertrekken, aangezien hij dacht dat hij groter was dan de manager. Keane dacht dat hij de manager was', aldus Ferguson. 'Beckham verspeelde de kans om een absolute legende te worden, aangezien hij daar de mentaliteit niet voor had.'