Maar na de inval door Duitsers in mei 1940 raakt de bejaarde premier geheel de kluts kwijt. Na veel angstig getob en getwijfel neemt De Geer de wijk naar Londen, waar hij zich van zijn meest defaitistische kant toont. Koning Wilhelmina kan het niet langer aanzien en dwingt hem in augustus ontslag te nemen. De Geer maakt de zaken alleen nog maar erger door zonder toestemming van de regering terug te keren naar Nederland, waarna hij door zijn opvolger als premier, Pieter Gerbrandy, voor deserteur wordt uitgemaakt. In 1942 probeert De Geer zijn gedrag te rechtvaardigen door de publicatie van De synthese in den oorlog waarin hij uitlegt dat de strijd tegen de Duitsers geen zin heeft.
Door zijn slappe houding krijgt De Geer de bijnaam Jonk de G, zijn naam zonder heer en zonder eer. Hij wordt geminacht en gehaat. Na de oorlog veroordeelt de bijzondere strafrechter hem tot een jaar voorwaardelijke gevangenisstraf. Hij wordt ontheven van zijn (ere)functie als minister van Staat en moet zijn koninklijke onderscheidingen inleveren.